Isolation and Characterization of a Small Cryptic Plasmid from a Clinical Isolate of Burkholderia pseudomallei (การแยกและการศึกษาคุณลักษณะของ พลาสมิดขนาดเล็กจากเชื้อ Burkholderia pseudomallei ที่แยกได้จากผู้ป่วย)

Abstract

โรคเมลิออยโดสิสเป็นโรคติดเชื้อแบคทีเรียที่มีสาเหตุมาจากเชื้อ Burkholderia pseudomallei ซึ่งสามารถก่อโรคที่มีความรุนแรงถึงแก่ชีวิตได้ในมนุษย์ โรคนี้พบได้ส่วนใหญ่ในแถบเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ และทางตอนเหนือของประเทศออสเตรเลีย ปัจจุบันยังไม่พบการศึกษาถึงพลาสมิดของเชื้อ B. pseudomallei ในเชิงลึก การศึกษาเบื้องต้นพบว่าวิธี alkaline lysis ซึ่งเป็นวิธีมาตรฐานไม่สามารถจะใช้ในการสกัดพลาสมิด จากเชื้อ B. pseudomallei ได้ เว้นแต่ได้รับการปรับปรุงโดยการเพิ่มความเข้มข้นของ sodium dodecyl sulfate เป็น 7 เปอร์เซ็นต์ เมื่อนำวิธีสกัดพลาสมิดที่ปรับปรุงใหม่นี้ไปใช้ในการตรวจหาพลาสมิดจากเชื้อ B. pseudomallei จำนวน 1,054 ตัวอย่าง ที่แยกได้จากผู้ป่วยจากโรงพยาบาลประจำจังหวัด 17 แห่ง ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทย พบเชื้อที่มีพลาสมิดขนาดเล็กจำนวน 23 ตัวอย่าง คิดเป็น 2.2 เปอร์เซ็นต์ โดยสามารถแบ่งกลุ่มพลาสมิดที่พบออกได้เป็น 2 กลุ่ม ตามขนาดของพลาสมิดและรูปแบบการย่อยด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ จากการศึกษาคุณลักษณะโดยการตรวจหาลำดับเบสของพลาสมิด pPHB194 พบว่ามีขนาด 13,482 คู่เบส โดยมี G + C ทั้งหมด 61 เปอร์เซ็นต์ พบเป็นพลาสมิดที่ยังไม่มีรายงานในฐานข้อมูล โดยประกอบด้วย 15 putative open reading frames (OFR) ซึ่งบริเวณที่มีหน้าที่เกี่ยวข้องกับการแบ่งตัวของพลาสมิดคือ ORF-10 เกี่ยวข้องกับความเสถียรคือ ORF-8 และ ORF-9 และส่วนที่เกี่ยวข้องกับการส่งผ่านพลาสมิดคือ ORF-11, ORF-12 และ ORF-14 โดยพบว่าพลาสมิด pPHB194 มีจำนวนพลาสมิด 11 copies ต่อหนึ่งโครโมโซมของเซลล์แบคทีเรีย ข้อมูลดังกล่าวมีประโยชน์ในการนำไปใช้ในการผลิต shuttle vector