การคัดเลือก EST-SSRs ในการใช้เป็นเครื่องหมายพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับลักษณะทนเค็มของข้าว

Abstract

ความสามารถในการทนเค็มเป็นเอกลักษณ์อย่างหนึ่งของข้าวแต่ละสายพันธุ์ การศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อสืบค้น Expressed sequence tag-Simple sequence repeats (EST-SSRs) จากฐานข้อมูลชีวภาพเพื่อนำมาคัดเลือกและพัฒนาเป็นเครื่องหมายโมเลกุลในการระบุความสามารถทนเค็มของข้าว จากการสืบค้น EST-SSRs ได้คัดเลือก 16 คู่ไพรเมอร์มาใช้เพิ่มปริมาณดีเอ็นเอด้วยปฏิกิริยาพีซีอาร์ โดยทดสอบกับข้าว 12 สายพันธุ์ที่มีความทนเค็มแตกต่างกัน พบว่ามี 1 คู่ไพรเมอร์ที่ให้แถบดีเอ็นเอของข้าวสายพันธุ์พอคคาลีซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่ทนเค็มสูง มีขนาดใหญ่กว่าสายพันธุ์อื่นๆ เมื่อนำแถบดีเอ็นเอไปวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ พบว่ามีตำแหน่งของ SSR ที่มีลำดับเบสซ้ำคือ GATC เพิ่มขึ้น 1 ซ้ำ ในข้าวสายพันธุ์พอคคาลี เมื่อเปรียบเทียบกับลำดับนิวคลีโอไทด์ของข้าวสายพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และเมื่อนำลำดับนิวคลีโอไทด์นี้ไปเปรียบเทียบความเหมือนกับยีนในฐานข้อมูล GenBank ด้วยโปรแกรม BLASTNพบว่า ตรงกับยีน Rice Bowman-Birk inhibitor 2-3 (rbbi2-3) ซึ่งเป็นยีนที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองเมื่อข้าวได้รับความเครียดและเกิดโรค จากผลการวิจัย เป็นที่น่าสนใจอย่างยิ่งที่จะนำ EST-SSR นี้ไปพัฒนาและทดสอบการเป็นเครื่องหมายพันธุกรรมในการระบุความสามารถทนเค็มของข้าวต่อไป