การจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อ Vibrio parahaemolyticus โดยวิธีการศึกษา ทางฟีโนไทป์และจีโนไทป์ PHENOTYPING AND GENOTYPING OF Vibrio parahaemolyticus

Abstract

บทคัดย่อ
    Vibrio parahaemolyticus เป็นสาเหตุสำคัญของโรคอาหารทะเลเป็นพิษ การจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อจึงเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อประโยชน์ทางด้านการศึกษาระบาดวิทยา รวมถึงการควบคุมและป้องกันการแพร่กระจายของเชื้อ การวิจัยครั้งนี้ศึกษาการจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อโดยวิธีการศึกษาแบบแผนการดื้อยา (antibiotyping), arbitrarily-primed polymerase chain reaction (AP-PCR) และ enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence-polymerase chain reaction (ERIC-PCR) พบว่าเชื้อที่แยกได้จากผู้ป่วยจำนวนทั้งสิ้น 70 ไอโซเลท จำแนกโดยวิธี antibiotyping, AP-PCR และ ERIC-PCR ได้เป็น 1, 16 และ 24 สายพันธุ์ ตามลำดับ จากการประเมินความสามารถในการจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อพบว่าantibiotyping มีความสามารถในการจำแนกต่ำที่สุด (discriminatory index เท่ากับ 0) ซึ่งไม่สามารถจำแนกความแตกต่างระหว่างสายพันธุ์ของเชื้อได้ ขณะที่ ERIC-PCR เป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพสูง เมื่อเปรียบเทียบกับ AP-PCR โดยมีค่า discriminatory index เท่ากับ 0.932 และ 0.901 ตามลำดับ อย่างไรก็ตามวิธี AP-PCR มีข้อดีคือ PCR product ที่ได้มีจำนวนแถบน้อยกว่า ในทางปฏิบัติทำให้ง่ายต่อ
การแปลผล และหากจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อโดยการแปลผลร่วมกันระหว่าง AP-PCR และ ERIC-PCRพบว่าประสิทธิภาพการจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อสูงขึ้น (discriminatory index เท่ากับ 0.986) โดยสามารถจำแนกเชื้อได้ทั้งสิ้น 48 สายพันธุ์ การศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นว่าการจำแนกสายพันธุ์โดยใช้เทคนิค PCR พื้นฐาน เช่น AP-PCR, ERIC-PCR และการใช้ AP-PCR ร่วมกับ ERIC-PCR เป็นวิธีที่มีศักยภาพสูง เหมาะสำหรับนำมาใช้ประโยชน์ในงานทางด้านระบาดวิทยาได้ดี


 

Abstract
    Vibrio parahaemolyticus is most commonly associated with seafood-borne gastroenteritis. Several typing methods have been developed for epidemiologic investigations or controlling the spread of this pathogen. In this study, a total of 70 clinical isolates of V. parahaemolyticus were typed by antibiotyping and the PCR-based typing methods: an arbitrarily-primed polymerase chain reaction (AP-PCR) and the enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence-polymerase chain reaction (ERIC-PCR). The seventy isolates were classified into 1, 16 and 24 types, with discriminatory indexes of 0.000, 0.901 and 0.932, by antibiotyping,
AP-PCR and ERIC-PCR, respectively. The discriminatory power of antibiotyping was lowest and all clinical isolates tested were indistinguishable by this method. ERIC-PCR was preferable
to AP-PCR because of the higher discriminatory power. However, AP-PCR might be a practical method because it generated fewer amplification bands and patterns than ERIC-PCR. The combination of AP-PCR and ERIC-PCR analysis allowed us to classify the isolates into
48 types with the highest discriminatory index of 0.986. These data demonstrate that AP-PCR and ERIC-PCR are useful for strain typing of V. parahaemolyticus and the combination of these two techniques is recommended for epidemiologic investigations.