การประเมินกลุ่มประชากรแบคทีเรียในน้ำตัวอย่างจากป่าชายเลนที่ดูดซับด้วยการประยุกต์ใช้ชุดตรวจโควิด-19 โดยเทคโนโลยีเอ็นจีเอส
คำสำคัญ:
ตำแหน่ง V3-4, จุลินทรีย์, ป่าชายเลน, น้ำกร่อย, ระบบนิเวศพื้นที่ชุ่มน้ำบทคัดย่อ
การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาประสิทธิภาพของแถบทดสอบแบบจุ่มดูดซับน้ำในการวิเคราะห์กลุ่มประชากรของแบคทีเรียโดยเทคโนโลยี Next-Generation Sequencing (NGS) ตัวอย่างน้ำถูกเก็บจากป่าชายเลนของจังหวัดสมุทรปราการ ซึ่งเป็นพื้นที่ที่มีความหลากหลายทางชีวภาพของจุลินทรีย์ ตัวอย่างน้ำถูกดูดซับโดยใช้ชุดตรวจโควิด-19 ดีเอ็นเอถูกสกัดจากแถบทดสอบของชุดตรวจ (กลุ่ม A) และสกัดโดยตรงจากตัวอย่างน้ำ (กลุ่ม B ซึ่งเป็นกลุ่มควบคุม) โดยใช้ชุดสกัด DNA Extraction kit วิเคราะห์ลำดับพันธุกรรมของแบคทีเรียบริเวณ V3-V4 hypervariable ของ 16S rRNA ดำเนินการด้วย NGS ผลการศึกษาพบ Operational Taxonomic Units (OTUs) ที่พบร่วมกันระหว่างทั้งสองกลุ่มเท่ากับ 7,140 OTUs ในขณะที่ 867 OTUs พบเฉพาะในกลุ่ม A และ 1,148 OTUs พบเฉพาะในกลุ่ม B ใน กลุ่ม A พบ Proteobacteria เป็นหลัก ในขณะที่ Bacteroidota มีความอุดมสมบูรณ์สูงในกลุ่ม B แบคทีเรีย PLTA13 มีมากในกลุ่ม A ส่วน SBR1031 และ A4b พบได้มากในกลุ่ม B นอกจากนี้ยังพบความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญของ Shannon diversity index ระหว่างกลุ่ม (p < 0.05) จากผลการวิจัยนี้ชี้ให้เห็นถึงความแตกต่างในองค์ประกอบของกลุ่มประชากรแบคทีเรียบางส่วนและดัชนีความหลากหลายเมื่อเปรียบเทียบระหว่างวิธีใช้แถบทดสอบดูดซับกับวิธีเก็บตัวอย่างน้ำโดยตรง งานวิจัยนี้ยังได้อธิบายถึงกลุ่มแบคทีเรียหลักในป่าชายเลนจากตัวอย่างที่รวบรวมผ่านสองเทคนิคที่แตกต่างกัน นอกจากนี้ ยังเป็นข้อมูลพื้นฐานสำหรับการประยุกต์และปรับปรุงเทคนิคการวิเคราะห์ทางจุลชีววิทยาในสิ่งแวดล้อม
Downloads
เอกสารอ้างอิง
Allard, S. M., Costa, M. T., Bulseco, A. N., Helfer, V., Wilkins, L. G. E, Hassenrück, C., Zengler, K., Zimmer, M, Erazo, N., Mazza, Rodrigues, J. L., Duke, N., Melo, V. M. M., Vanwonterghem, I., Junca, H., Makonde, H. M., Jiménez, D. J., Tavares, T. C. L., Fusi, M., Daffonchio, D., Duarte, C. M., Peixoto, R. S., Rosado, A. S., Gilbert, J. A., and Bowman, J. (2020). Introducing the mangrove microbiome initiative: Identifying microbial research priorities and approaches to better understand, protect, and rehabilitate mangrove ecosystems. mSystems, 5(5), Article e00658-20.
Meng, S., Peng, T., Liu, X., Wang, H., Huang, T., Gu, J. D., and Hu, Z. (2022). Ecological role of bacteria involved in the biogeochemical cycles of mangroves based on functional genes detected through geochip 5.0. mSphere, 7(1), Article e0093621.
Yao, L., He, M., Jiang, S., Li, X., and Shui, B. (2025). Spatiotemporal characteristics of bacterial communities in estuarine mangrove sediments in Zhejiang Province, China. Microorganisms, 13(4), Article 859.
Tabugo, S. R. (2025). Mangrove microbiomes as hidden ecological gatekeepers. Trends in microbiology, 33(12), 1254-1256.
Wainwright, B. J., Millar, T., Bowen, L., Semon, L., Hickman, K. J. E., Lee, J. N., Yeo, Z. Y., and Zahn, G. (2023). The core mangrove microbiome reveals shared taxa potentially involved in nutrient cycling and promoting host survival. Environmental Microbiome, 18(1), Article 47.
Lin, X., Hetharua, B., Lin, L., Xu, H., Zheng, T., He, Z., and Tian, Y. (2019). Mangrove sediment microbiome: Adaptive microbial assemblages and their routed biogeochemical processes in yunxiao mangrove national nature reserve, China. Microbial Ecology, 78(1), 57-69.
Hinlo, R., Gleeson, D., Lintermans, M., and Furlan, E. (2017). Methods to maximise recovery of environmental DNA from water samples. PloS One, 12(6), Article e0179251.
Demkina, A., Slonova, D., Mamontov, V., Konovalova, O., Yurikova, D., Rogozhin, V., Belova, V., Korostin, D., Sutormin, D., Severinov, K., and Isaev, A. (2023). Benchmarking DNA isolation methods for marine metagenomics. Scientific Reports, 13(1), Article 22138.
Toptan, T., Eckermann, L., Pfeiffer, A. E., Hoehl, S., Ciesek, S., Drosten, C., and Corman, V. M. (2021). Evaluation of a SARS-CoV-2 rapid antigen test: Potential to help reduce community spread?. Journal of Clinical Virology, 135, Article 104713.
Martin, S., Kohn, M. A., Bollyky, J., and Parsonnet, J. (2022). Validity of at-home rapid antigen lateral flow assay and artificial intelligence read to detect SARS-CoV-2. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 104(3), Article 115763.
Omidfar, K., Riahi, F., and Kashanian, S. (2023). Lateral flow assay: A summary of recent progress for improving assay performance. Biosensors, 13(9), Article 837.
McCombie, W. R., McPherson, J. D., and Mardis, E. R. (2019). Next-Generation sequencing technologies. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine, 9(11), Article a036798.
Claesson, M. J., Wang, Q., O'Sullivan, O., Greene-Diniz, R., Cole, J. R., Ross, R. P., and O' Toole, P. W. (2010). Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Research, 38(22), Article e200.
Nimnoi, P., and Pongsilp, N. (2022). Insights into bacterial communities and diversity of mangrove forest soils along the upper gulf of Thailand in response to environmental factors. Biology, 11(12), Article 1787.
Ghosh, A., Maile, A., and Nagarajaram, H.A. (2025). Prokaryotic co-occurrence patterns in diverse Indian mangrove ecosystems. Scientific Reports, 15(1), Article 38283.
Chithira, M.S., Aishwarya, P., Mohan, A.S., and Antony, S.P. (2021). Profiling bacteriome associated with the sediments of a mangrove ecosystem in Kerala, India, Ecological Genetics and Genomics, 21, Article 100103.
Zhao, H., Zhang, S., Yang, W., Xia, F., Ma, X., Tan, Q. (2025). Sources and distribution of soil organic matter in mangrove wetland of Qi’ao Island: Insights from stable isotope composition and fluorescence spectroscopy, Ecological Indicators, 177, Article 113772.
Haldar, S., and Nazareth, S.W. (2018). Taxonomic diversity of bacteria from mangrove sediments of Goa: metagenomic and functional analysis. 3 Biotech, 8(10), Article 436.
Jiang, C., Diao, X., Wang, H., and Ma, S. (2021). Diverse and abundant antibiotic resistance genes in mangrove area and their relationship with bacterial communities - A study in Hainan Island, China. Environmental Pollution, 276, Article 116704.
Majaneva, M., Diserud, O. H., Eagle, S. H. C., Boström, E., Hajibabaei, M., and Ekrem, T. (2018). Environmental DNA filtration techniques affect recovered biodiversity. Scientific Reports, 8(1), Article 4682.
Cruaud, P., Vigneron, A., Fradette, M.-S., Charette, S. J., Rodriguez, M. J., Dorea, C. C., and Culley, A. I. (2017). Open the SterivexTM casing: An easy and effective way to improve DNA extraction yields. Limnology and Oceanography: Methods, 15(12), 1015-1020. https://doi.org/10.1002/lom3.10221
Abdel-Hady, A., Monge, M., Aslett, D., Mikelonis, A., Touati, A., and Ratliff, K. (2024). Comparison of liquid and filter sampling techniques for recovery of Bacillus spores and Escherichia coli from environmental water. Journal of Environmental Management, 370, Article 122711.
Yahaya, M. L., Zakaria, N. D., Noordin, R., and Razak, K. A. (2019). The effect of nitrocellulose membrane pore size of lateral flow immunoassay on sensitivity for detection of Shigella sp. In milk sample. Materials Today: Proceedings, 17(3), 878-883.
Koczula, K. M., and Gallotta, A. (2016). Lateral flow assays. Essays in Biochemistry, 60(1), 111-120.
Low, S. C., Shaimi, R., Thandaithabany, Y., Lim, J. K., Ahmad, A. L., and Ismail, A. (2013). Electrophoretic interactions between nitrocellulose membranes and proteins: Biointerface analysis and protein adhesion properties. Colloids and Surfaces. B, Biointerfaces, 110, 248-253.
ดาวน์โหลด
เผยแพร่แล้ว
รูปแบบการอ้างอิง
ฉบับ
ประเภทบทความ
สัญญาอนุญาต
ลิขสิทธิ์ (c) 2026 วารสารมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
อนุญาตภายใต้เงื่อนไข Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
วารสารมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี อยู่ภายใต้การอนุญาต Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 International (CC-BY-NC-ND 4.0) เว้นแต่จะระบุไว้เป็นอย่างอื่น โปรดอ่านหน้านโยบายของวารสารสำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการเข้าถึงแบบเปิด ลิขสิทธิ์ และการอนุญาต
